Gli organi della Fondazione di Intra previsti statutariamente sono:
- Il Comitato Nomine, composto da Presidente in carica della Fondazione e due rappresentanti di Enti territoriali significativi e/o rappresentanti di Enti giuridicamente riconosciuti, individuati dal Comitato Direttivo;
- Il Consiglio Generale, nominato dal Comitato Nomine, composto da un minimo di 5 a un massimo di 13 membri.
- Il Comitato Direttivo, composto dal Presidente e Vice Presidente della Fondazione e da altri 3 membri nominati dal Consiglio Generale
- Il Direttore della Fondazione, nominato dal Consiglio Generale.
- Il Collegio dei Revisori, composto da tre membri.
Consiglio generale
Presidente
dott.ssa Anna Belfiore
Consigliere
avv. Luigi Fumagalli
Consigliere
ing. Daniele Corti
Consigliere
dott. Roberto Ferrari
Consigliere
prof. don Pier Davide Guenzi
Collegio dei revisori dei conti
Il Collegio dei Revisori dei Conti è così composto:
- Roberto Bussi, Presidente e commercialista in Verbania;
- Gabriele Ferrari, commercialista in Verbania;
- Diana Anna Passarani, commercialista in Novara.