Gli organi della Fondazione di Intra previsti statutariamente sono:
- Il Comitato Nomine, composto da Presidente in carica della Fondazione e due rappresentanti di Enti territoriali significativi e/o rappresentanti di Enti giuridicamente riconosciuti, individuati dal Comitato Direttivo;
- Il Consiglio Generale, nominato dal Comitato Nomine, composto da un minimo di 5 a un massimo di 13 membri.
- Il Comitato Direttivo, composto dal Presidente e Vice Presidente della Fondazione e da altri 3 membri nominati dal Consiglio Generale
- Il Direttore della Fondazione, nominato dal Consiglio Generale.
- Il Collegio dei Revisori, composto da tre membri.